为更好地促进深圳市及其周边地区的经济建设、社会发展和教育水平的提高，1999年9月深圳市政府与我国大陆及香港地区的多所名牌大学合作，创建了“深圳虚拟大学园”。我院和北京大学、清华大学、中国科学院、中国工程院、中国科技大学、上海交通大学、哈尔滨工业大学、中国人民大学、南开大学、香港科技大学等43所名校先后成为该大学园成员。“深圳无名校，名校在深圳”。

“深圳虚拟大学园”的建立，为促进各名校在深圳进行学历教育和非学历教育、教学实践活动特别是研究生的课题研究及科技成果的产业化，提供了良好的机遇，并为入园各院校增加了直接交流、互相合作的机会，同时也为入园各院校开展国际合作、参与国际竞争提供了窗口。
2000年3月我院遵照李铁映同志指示入驻“虚拟大学园”并于同年7月在深圳注册成立“中国社会科学院研究生院深圳研究院”。该研究院作为我院驻深的常设机构和教学、研究基地，已在深圳及珠江三角洲地区开展各类人文社会科学高级人才的培养工作和有关科研课题的研究。
为了更好地开展工作和满足我院粤港澳地区校友们的愿望，2001年5月经深圳市教育局批准，按深圳市民政局的有关规定，正式注册成立“深圳市中国社会科学院研究生院校友会”。校友会的成立，对增强校友的凝聚力，扩大我院在深的影响起到了积极的作用。
入驻“深圳虚拟大学园”和设立“深圳研究院”，不仅拓展了我院人文社会科学各类高层次人才的培养规模，而且为我院在香港、澳门地区和台湾省招收培养博士、硕士研究生创造了更加有利的条件。
自2000年以来，深圳研究院在深圳及珠江三角洲地区开展了各类人文社会科学高级人才的培养工作和有关科研课题的研究。举办多个专业硕士研究生课程进修班和高级研修班，为企事业单位举办“定单式培训”，参与有关深圳市科研课题的研究及论证、评审工作，承接了深圳市政府高新技术产业园区课题《深圳虚拟大学园的发展研究》，并多次组织研究生院各系专家、教授赴深圳讲学和考察。我院依托中国社会科学院专家、教授和校友会的资源优势，在深和校友会联合，先后举办了“技术创新与中国”、“社科论坛”、“民营经济与中小企业板高层论坛”、“中国金融热点问题高层论坛”等形式多样的论坛与讲座20多场次。先后邀请了中国社会科学院及国务院有关部委的专家、学者及香港有关专家先后来深，如李京文、文宗瑜、张宇燕、樊刚、徐雅萍、陈东琪、夏勇、白烨、罗肇鸿、张卓元、杨帆、李茂生、刘迎秋、陈文玲、李扬、王国刚、何亮亮等等专家、教授担纲主讲，在深引起了较大的社会反响，取得了良好的社会效益。